Facio

Trapezoidal Quad Representation (18.8MB) 　タンパク質の新しい粗視化法　（Trapezoidal Quad表示）

FMO Tutorials

     Facio を使ってPDBファイルからFMO計算の入力ファイルを作成するときの
     難易度や問題点に基づき、PDBをＡＢＣ３つのグループに分類した。

１．　FMO_Tut2_Group_A　　特に問題なし　（実例　１３件）　
　　　　　　　　　　　　　　　　４例については、説明のための動画あり。手動によるFMO分割点の設定の例もある。　　　　　　　　　　　　　　

２．　FMO_Tut2_Group_B   　手動による原子や結合などの削除や付加が若干必要なもの　（実例　３件）

３．　FMO_Tut2_Group_C 　　FMOフラグメント作成時に、構造の異常が検知されるので、
　　　　　　　　　　　　　　　　　手動による原子や結合などの削除や付加が必要なもの　　（実例　６件）
　　　　　　　　　　　　　　　　　C1   C2   C3   C4   C5   C6

４．  PIEDA (1.89MB)　　　PIEDA解析パネルの機能の紹介　

５．  Crambin （講習会で使用するタンパク質）

   　  1crn_1   (21.0MB)　　　水素原子を補完しただけの構造を使用してFMO入力ファイルを作成

   　  1crn_2   (34.7MB) 　　 TINKER-AMBERにより最適化した構造を使用してFMO入力ファイルを作成

   　  1crn_3   (29.3MB)　　　各フラグメントをPM３で構造最適化（非水素原子は、固定）して
　　　　　　　　　　　　　　　　FMO入力ファイルを作成

   　  1crn     (1.24MB)　     上の1crn_1, 2, 3で作成したファイル及び
　　　　　　　　　　　　　　　　　TINKER-AMBER計算用バッチファイル(Amber.bat)とKeyファイル(Amber.key)
                                　    Amber.batとAmber.keyは、TINKERのインストール場所に応じて書き換えて使って下さい。

       1crn_FMO_InpOut (803KB)    1crn_1, 1crn_2の構造をもとにしたFMO入力ファイルとその計算結果

    　 1crn_PIEDA (16.3MB)　　　　PIEDAの解析パネルとLocal Structure Viewerを連動させ、
　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　相互作用のある二つのフラグメントを表示する方法のデモ

６．  LocalStructureViewer (20.4MB)    　Local Structure Viewerの使い方

７．　講習会で使用する計算環境の設定　（4 nodes, 1 core/node, 2GB RAM/node）

   　 Set_Env1   (2.10MB)　　 FMO設定パネルで行なう方法　

   　 Set_Env2　 (3.33MB)　　　Facioの設定ファイルFacio.iniを書き直して行なう方法

８． FMO入力ファイルをエディタで編集するときの注意

　　　GAMESSでは、改行コードがLF (Line Feed)でなければなりません。
　　　ところが、Windows上で普通にエディタで編集するとCR+LF (Carriage Return + Line Feed)になってしまいます。
　　　従って、TeraPadやK2Editorなどのように、保存時に改行コードを指定できるエディタが必要です。

　　　因みにWinGamessに関しては、
　　　VERSION = 24 MAR 2007 (R6)　では、CR+LF でもよかったが
　　　VERSION = 11 APR 2008 (R1)　では、CR+LFではエラーがでるので、LFにしなければなりません。

Facio tutorial

FacioTut_1-5　　(6.22MB) 計算化学の講義の資料として数年前に作成したもの

Facio_HowTo もご覧下さい。

分子モデリングについて

Facioでは、次の５つのプログラムと連携してモデリングを行なっています。

　　TINKER
　　WinGamess (GAMESS, compiled by Nuno Bandeira)　
　　PC GAMESS
　　MOPAC   (MOPAC2007およびMOPAC2009)
　　Gaussian  　 (Links to Related Sites では、FacioのWebサイトにリンクが張られています。）

    【TINKERをインストールする際の注意】

　　（１）　「No jvm.dll found」のようなエラーメッセージがでたら、
　　　　　jre\bin\client\jvm.dll をコピーして、optimize.exeなどがあるbin に置いて下さい。

　　（２）　FacioのLocation of External ProgramsでTINKERの.exeとして指定するのは、
　　　　　minimize.exe もしくはoptimize.exe もしくはnewton.exeですが、
　　　　　optimize.exeは、分子が大きいと　Optimize -- Too many Parameters, Increase the Value of MAXOPT
           というメッセージを出して計算ができないことがあります。これは、計算に必要な配列変数の
　　　　　大きさが不足しているためで、MAXOPTという定数を大きくしてTinkerをコンパイルし直すことで
　　　　　解決しますが、それよりもnewton.exeの使用を推奨します。
　　　　　
　　　　　ffe.exe　 (Force Field Explorer)　は、指定しないで下さい。

　　（３）　FacioのLocation of External ProgramsでTINKERの.prmとして指定するのは、
　　　　　タンパク質用の力場パラメータです。例えばamber99.prm
           mm3.prmは、指定しないで下さい。mm3.prmの絶対パスは、amber99.prmのそれから
　　　　　求めています。

    【WinGamessをインストールする際の注意】

　　（１）　ファイヤーウォールをインストールしている環境では、WinGamessの一番最初の実行時に
　　　　　ネットワークへの接続を許可するか否かを尋ねられます。この場合は、「常に許可」するように
　　　　　して下さい。

　　（２）　WinGamessの実行には、scratch と temp という二つのフォルダが必要です。
　　　　　 WinGamessをインストールした時点では、これら二つのフォルダは無いので、
　　　　　ユーザー自ら作成して下さい。作る場所は、gamess.08.exeがあるフォルダ内です。

　　　　　 WinGamessに同梱されているドラッグ＆ドロップ実行ユーティリティ（WG_DDE.bat）は、
　　　　　もともと私（末永）が提供したものですが、Nuno Bandeira氏の改良により、
　　　　　 scratchとtempが存在しない場合には自動的に作成されるようになっています。

　　（３）　Facio側での設定は、PreferencesメニューのExternal Programsを選択したときに開くパネルの中で
　　　　　 WinGamessのところに、gamess.08.exeの絶対パス名を指定して下さい。
　　       Browseボタンでgamess.08.exeを指定すると、間違いなく設定できます。

　　【モデリングの様子を動画にしたもの】

　　（１）　NMe3 (7.54MB)

　　（２）　Norbornane (13.7MB)

　　（３）　MoveRotateGroup (4.93MB)

　　（４）　Merge2Molecules (13.9MB)

　　（５）  OligoPep (4.62MB)

　　（６）  beta-CD (29.6MB)