*****  TINKER-AMBERの入力ファイルを作成する機能  （Facio 11.8.6）*****

力場パラメータは、amber99.prm, charmm27.prm, oplsaal.prmが使えます。

操作の流れは、以下の通りです。
（１）FMOメニューのAdd Hydrogen Atoms to Protein PDB by ATOM Recordで水素を補完する。

　　　水素原子の欠如が無いPDBファイルについては、このステップの作業は、必要無し。


（２）水分子などHETATMがあるものは、テキストエディタで
　　　それらを削除する。
　　　得られたファイルをPDB1とする。

（３）FacioでPDB1を読み込み、欠落している結合などがあれば、
　　　それを補完した後、HETATM/CONECT形式のPDBファイルとして保存する。
　　　このファイルをPDB2とする。

　　　この操作で、ダミー原子として存在しているTERレコードも消去される。

（４）FMOメニューのTINKER-AMBER Input File Makerを開く

（５）PDB1とPDB2を指定する。

（６）力場パラメータを選択する。

（７）Make TINKER-AMBER Input ボタンをクリックすると
　　　Amber.xyzというファイル名で、入力ファイルが作成される。
　　　同時に、起動用のバッチファイルとkeyファイルも生成される。

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Tinker-Amberに同梱したサンプル

　　*_Hadd.pdb         　ATOM形式のPDBファイル　（PDB1）
　　*_Hadd_HETATM.pdb  　HETATM/CONECT形式のPDBファイル　（PDB2）
　　*_Amber.xyz        　TINKER-AMBER入力ファイル　
　　　　　　　　　　　　（Facioが生成したTINKER-AMBER入力ファイル）

(in the Other_Samples)

2ol9_Hadd.pdb　　2ol9_Hadd_HETATM.pdb　　2ol9_Amber.xyz
2cga_Hadd.pdb　　2cga_Hadd_HETATM.pdb　　2cga_Amber.xyz
1yjp_Hadd.pdb　　1yjp_Hadd_HETATM.pdb　　1yjp_Amber.xyz
1crn_Hadd.pdb　　1crn_Hadd_HETATM.pdb　　1crn_Amber.xyz
1b9g_Hadd.pdb　　1b9g_Hadd_HETATM.pdb　　1b9g_Amber.xyz


但し、Tinkerのoptimize.exeを使うと
2cga, 1crn, 1b9gの計算を実際に行なおうとすると
以下のようなメッセージがでて計算が止まってしまいます。

「Optimize -- Too many Parameters, Increase the Value of MAXOPT 」

これを回避するためには、TINKERのソースファイルのsizes.i で
定義されているMAXOPTというパラメータの値を大きくして
TINKERを再コンパイルする必要があります。

あるいは、minimize.exeやnewton.exeを使って下さい。

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(in the folder 1uao)

1uao_model_1.pdb
1uao_model_1_C.pdb
1uao_model_1_C_HETATM.pdb

1uao_Amber.xyz
1uao_Amber-1.xyz
1uao_Amber.bat
1uao_Amber.key

1uao_Charmm.xyz
1uao_Charmm-1.xyz
1uao_Charmm.bat
1uao_Charmm.key

1uao_Oplsaal.xyz
1uao_Oplsaal-1.xyz
1uao_Oplsaal.bat
1uao_Oplsaal.key


1uao.pdbには、既に水素原子がありますが、
PDBファイルのAtom Name フィールド（13カラムから16カラムまでのデータ）に
問題があります。NMRによって求められた構造に特に多く見受けられます。
（間違った記述が、蔓延っています。）

正しい記述に関しては、以下のサイトを参照して下さい。
http://bmerc-www.bu.edu/needle-doc/latest/atom-format.html


1uao_model_1.pdbは、1uao.pdbからMODEL 1を抜き出したもの

1uao_model_1.pdb （Atom Name Fieldに問題あり）
...
ATOM      5  HA2 GLY A   1      -7.677  -1.140   2.309  1.00  0.00           H  
ATOM      6  HA3 GLY A   1      -7.085   0.336   3.073  1.00  0.00           H  
ATOM      7  H1  GLY A   1      -5.778  -1.527   4.462  1.00  0.00           H  
ATOM      8  H2  GLY A   1      -7.214  -2.365   4.112  1.00  0.00           H  
ATOM      9  H3  GLY A   1      -7.273  -0.879   4.933  1.00  0.00           H  
...
ATOM     83 HG21 THR A   6       5.309   0.265   3.208  1.00  0.00           H  
ATOM     84 HG22 THR A   6       4.906  -1.371   3.728  1.00  0.00           H  
ATOM     85 HG23 THR A   6       3.625  -0.188   3.464  1.00  0.00           H  


FacioのFMO Menu の PDB Atom Name Field Converterを使うと、
この間違いを修正することができます。


1uao_model_1_C.pdb （Atom Name Fieldを修正したもの）
...
ATOM      5 1HA  GLY A   1      -7.677  -1.140   2.309  1.00  0.00           H  
ATOM      6 2HA  GLY A   1      -7.085   0.336   3.073  1.00  0.00           H  
ATOM      7 1H   GLY A   1      -5.778  -1.527   4.462  1.00  0.00           H  
ATOM      8 2H   GLY A   1      -7.214  -2.365   4.112  1.00  0.00           H  
ATOM      9 3H   GLY A   1      -7.273  -0.879   4.933  1.00  0.00           H  
...
ATOM     83 1HG2 THR A   6       5.309   0.265   3.208  1.00  0.00           H  
ATOM     84 2HG2 THR A   6       4.906  -1.371   3.728  1.00  0.00           H  
ATOM     85 3HG2 THR A   6       3.625  -0.188   3.464  1.00  0.00           H  

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